La Fundéu indica que la locución tener en cuenta que, sin la preposición de, es la recogida en el Diccionario académico.
En los medios de comunicación es habitual encontrar frases como «Los agentes denunciaron las duras condiciones de habitabilidad, sobre todo teniendo en cuenta de que la estancia se iba a prolongar más de lo previsto», «El tribunal ha rechazado adoptar medidas cautelares al tener en cuenta de que se está hablando de un derecho fundamental» o «Tenga en cuenta de que este brebaje no sustituye a una dieta saludable».
Tal como indica el Diccionario panhispánico de dudas, en la locución tener en cuenta es inadecuado anteponer de a la conjunción que, pues se incurre en un caso de dequeísmo.
Así pues, en los ejemplos iniciales lo apropiado habría sido escribir «Los agentes denunciaron las duras condiciones de habitabilidad, sobre todo teniendo en cuenta que la estancia se iba a prolongar más de lo previsto», «El tribunal ha rechazado adoptar medidas cautelares al tener en cuenta que se está hablando de un derecho fundamental» y «Tenga en cuenta que este brebaje no sustituye a una dieta saludable».